Historicamente, a pesquisa em  biodiversidade é uma das grandes linhas de estudo desenvolvidas no Instituto Oswaldo Cruz. A primeira publicação de Oswaldo Cruz, em 1901, na revista Brazil-Médico, descrevia o Anopheles lutzi em sua ‘Contribuição para o estudo dos culicídeos do Rio de Janeiro’.

Este marco inaugurou o estudo da entomologia médica brasileira. Pesquisadores como Arthur Neiva, Carlos Chagas e Antônio Periassú firmaram a seguir os alicerces de uma escola de entomologistas e acarologistas que abriu espaço para estudos zoológicos em outras áreas, como protozoologia, helmintologia, malacologia e microbiologia, até hoje bem estruturadas no Instituto.

A relação entre Biodiversidade, Saúde e Ambiente tem sido tradicionalmente descrita na Saúde Pública a partir de três vertentes.

A vertente da Biodiversidade aborda a taxonomia e sistemática focada no amplo conhecimento da diversidade neotropical. A vertente Biomédica, originada na Parasitologia clássica, envolve a relação agente-hospedeiro das doenças infectocontagiosas.

A terceira vertente é oriunda do saneamento e aborda a problemática ambiental a partir da Engenharia Ambiental, com o foco no desenvolvimento de infraestrutura de água, esgoto e lixo, fatores que quando ausentes ou precários contribuem para o adoecimento e óbitos na população e perda dos serviços ecossistêmicos fornecidos pelos ambientes naturais

No Brasil, o crescente desenvolvimento social e econômico vem causando danos ambientais notórios. A interrupção ou minimização desse processo é urgente e fundamental.

Ações estratégicas nesse sentido não podem ser feitas sem o conhecimento de nossa biodiversidade, que é o ponto de partida para toda e qualquer iniciativa e deve ser encarado não somente como uma premissa ética, mas também como uma necessidade essencial para o bem-estar nacional.

A redução ou perda da Biodiversidade provoca diversos efeitos em cascata na regulação das populações naturais e de processos ecológicos que levam a um aumento do risco de transmissão e de emergência de doenças infecciosas e parasitárias em humanos.

Os processos de emergência de novas doenças ou recrudescimento de outras já controladas (reemergência) estão em grande parte relacionados a alterações na paisagem, decorrentes de intervenções humanas ou mesmo de processos naturais.

O IOC e a Fiocruz, em sua história centenária, já vinham atuando nessas vertentes, tanto nas atividades de Pesquisa e Ensino como na de conservação da biodiversidade natural através de seus acervos e Coleções Biológicas.

No entanto, a contemporaneidade vem exigindo maior especificidade para o tema biodiversidade e as interfaces de suas relações, contexto no qual foi criado o Programa de Pós-graduação Stricto sensu em Biodiversidade e Saúde.